Fue Príncipe de Moldavia (Hospodar) desde enero de 1785 hasta diciembre de 1786.
Fue el hijo de Juan Mavrokordat, nacido en Fanar. Alejandro II Mavrokordat fue el último representante de la familia Mavrokordat en el trono de Moldavia.
Durante su juventud, estudió en la escuela militar de San Petersburgo. Antes de llegar a ser Príncipe de Moldavia, fue dragomán del Imperio Otomano. Ostentando este cargo, participó en las negociaciones y firmó el tratado de 1783, según el cual la península de Crimea se cedió al Imperio Ruso.
Los turcos le nombraron Hospodar de Moldavia en enero de 1785. Sin embargo, al saber que él mantenía relaciones diplomáticas con la corte imperial de San Petersburgo, le destituyeron en diciembre de 1786, a pesar de que ya le habían pagado 800 talegos de monedas para asegurar su fidelidad.
Derrocado del trono en Moldavia, se dirigió con una carta a la emperatriz Catalina II, pidiéndole permiso para residir en Rusia. Catalina II ordenó a Alejandro II Mavrokordat esperarle en Kremenchug, ciudad que tenía intención de visitar durante su viaje por el sur del imperio.
A principios de 1787, Alejandro II Mavrokordat abandonó Iași en secreto y, sin su familia ni sus cortesanos, se dirigió a Dniéster, donde lo esperaba un grupo militar ruso. Acompañado de 600 húsares llegó finalmente a Kremenchug en mayo de 1787 y allí se reunió con Catalina II. Debido a que Alejandro huyó a Rusia, sus contemporáneos le apodaron Firaris (Fugitivo).
La fuga de Alejandro II Mavrokordat enfadadó tanto a los turcos que arrestaron al embajador ruso en Estambul, I.I.Bulgakov, y lo encarcelaron en la Alcazaba de las Siete Torres por 812 días. El Imperio otomano le pusó a Rusia un ultimátum, exigiendo la entrega de Alejandro II Mavrokordat. La emperatriz rusa nunca respondió y uno de los motivos de una nueva guerra ruso turca (1787-1791).
Alejandro II Mavrokordat se estableció en Elisavetgrado. Allí recibió el título de príncipe del Imperio Ruso, y en 1792 fue candidato a la dirección de la Nueva Moldovia (territorio comprendido entre los ríos Bug y Dniéster), cedida a Rusia por el Tratado de Iași de 1791.
Alejandro de II Mavrokordat murió en 1819 y fue enterrado en el monasterio de Danilov en Moscú.